Вінницький Навчально-науковий інститут функціонує в структурі Університету ДФС України з 2002 року. Саме цього року розпочинається історія економічного факультету, як самостійного навчально-наукового та адміністративного структурного підрозділу, коли голова ДПА у Вінницькій області Малярчук А.К., ректори Державного Аграрного університету Л.П.Середа та Академії ДПС України П.В. Мельник підписали відповідну угоду. Вона і засвідчила факт створення Вінницького факультету Академії. Презентація відбулася 12 червня 2002 року в музично-драматичному театрі імені Миколи Садовського. На цьому святі були присутні і керівники області, районів, випускники шкіл, частина яких стала незабаром студентами нового вузу.

Перші п’ять років новостворений факультет (декан – доктор економічних наук, професор Анатолій Григорович Мазур) працював в одному із корпусів Вінницького державного аграрного університету.

У 2007 році філію очолив Анатолій Климович Малярчук, к.е.н., доцент, радник податкової та митної служби 1 рангу.На цій посаді Малярчук А.К. велику увагу приділяв поліпшенню кадрового складу філії, залучав досвідчених спеціалістів із ДПА та управлінь економічного блоку облдержадміністрації.

У 2016 році на базі філії був заснований Вінницький Навчально-науковий інститут, як відокремлений структурний підрозділ Університету державної фіскальної служби України.

З 26 грудня 2018 року на посаду виконуючого обов’язки директора Вінницького ННІ призначена к.е.н., доцент Бойко О.О.

У складі Вінницького Навчально-наукового інституту функціонують дві кафедри: кафедра фінансів, обліку та оподаткування і кафедра загальних дисциплін.

Пріоритетні напрями наукової роботи кафедр:

• Відкриття в інституті нових напрямів підготовки і спеціальностей. Зокрема, такі спеціальності (спеціалізації) як-то: «Фінансові розслідування», «Кіберзлочинність та боротьба із злочинами у інформаційній сфері».
• Розвиток інформатизації у навчальному та науковому процесах та в управлінні інститутом (запровадження дистанційного навчання).
• Реалізація сформованого курсу щодо інноваційного розвитку інституту, що передбачає забезпечення підготовки висококваліфікованих фахівців за денною, заочною та дистанційною формами навчання.
• Оптимізація обсягів прийому на навчання до інституту, посилення індивідуалізації профорієнтаційної роботи, розширення ступеневої підготовки фахівців.
• Реалізація кадрової політики щодо поліпшення якісного складу професорсько-викладацького персоналу та укомплектування кафедр науково-педагогічними кадрами, академічно та професійно кваліфікованими, підвищення рівня кваліфікації та професійної компетентності викладачів, збереження кадрового потенціалу.
• Розвиток матеріально-технічної бази з метою забезпечення подальшого поліпшення умов проведення навчального процесу,виховної роботи, підвищення побутової комфортності для працівників і студентів.
• Систематична комунікація між Вінницьким ННІ та ГУ ДФС у Вінницькій області, що ставлять собі за мету активну участь у навчанні та вихованні молодих фахівців в сфері державного управління через підписання меморандуму між установами . Що забезпечить якісне формування змісту вищої освіти навчального закладу, ефективного використання навчально-лабораторної бази та кадрового потенціалу, можливість використання матеріально-технічної бази ГУ ДФС у Вінницькій області для організації і проведення заходів; пошук і підтримання зв’язків з підприємствами, організаціями та установами з метою якісного забезпечення навчального процесу, створення баз практики і стажування, проведення перспективних наукових та практичних досліджень.

Вінницький навчально-науковий інститут Університету державної фіскальної служби України проводить підготовку фахівців для податкових служб, фінансових управлінь обласних та райдержадміністрацій, митних служб Вінницького регіону, держави за денною та заочною формою навчання. В навчально-науковому інституті до послуг студентів є сучасні навчальні аудиторії, навчально-наукові лабораторії, сучасні комп’ютерні класи, методкабінет, бібліотека, їдальня, медпункт.

Комп’ютерні аудиторії об’єднані локальною мережею і мають належне програмне забезпечення, що дає змогу здійснювати практичну підготовку студентів. Студенти мають можливість доступу до Інтернет, використання в навчальній та дослідній роботі електронних підручників, конспектів лекцій, матеріалів дистанційного навчання, відеофільмів та ін.

Навчально-виховний процес в інституті забезпечують досвідченні науково-педагогічні працівники:
2 доктори економічних наук, професори
10 кандидатів економічних наук, доцентів
1 кандидат історичних наук, доценти
2 кандидати фізико-математичних наук, доценти
3 кандидати юридичних наук, доценти
1 кандидат філологічних наук

За роки надання освітніх послуг підготовлено понад дві тисячі висококваліфікованих фахівців, які успішно працюють у Державній фіскальній службі України, митниці та інших державних і контролюючих органах, бізнесових структурах.